肩關節鏡檢查的并發癥并不常見，但也很少發生。感染率往往非常低。肩部手術最常見的并發癥是手術后僵硬和長期康復。這通常可以通過物理治療來控制。有時，肩關節鏡檢查會導致肩周炎，這會使康復變得具有挑戰性。肩關節鏡檢查的一種罕見并發癥稱為軟骨溶解。這是關節鏡肩部手術后出現的一種非常罕見但特別嚴重的并發癥。