對于醫生和患者而言，FNA相對于開放式活組織檢查具有若干優點。可以在有或沒有圖像引導的情況下執行FNA。可以用超聲或CT進行圖像引導的組織取樣。即使使用超聲波引導，FNA也可以在最短的設置時間內快速完成。CT引導的FNA更耗時，但可用于深部目標（咀嚼者空間，腮腺深葉，翼腭窩）。如果使用靜脈注射造影劑，CT引導的FNA可能需要評估腎功能。超聲引導的FNA在兒科人群中也可能更有利，其中對電離輻射暴露的關注更高。美國甲狀腺協會建議超聲引導FNA結節，具有更高的非診斷細胞學可能性（> 

與開放式活檢相比，FNA對患者及其家屬更方便。該程序只需要辦公室訪問，工作時間損失最小。另一方面，切除活檢通常需要休假，術前血液檢查，以及放射線和心臟檢查。此外，手術使患者暴露于麻醉，術后感染和腫瘤播種的可能性（見下文）。一定比例的患者可能需要在醫院過夜，并且需要額外的工作時間。

開放式活檢可能會干擾進一步的治療。放置不當的活檢切口可能使隨后的頸部解剖或切除困難。1991年，Birchall及其同事證明，接受大規模切除活檢的10名患者中有6名出現了與活組織檢查相關的并發癥。 這些并發癥包括后期腫瘤切除的折衷，切除額外皮膚和鄰近軟組織的必要性，以及手術后頸部傷口的局部復發。

在當今的經濟環境中，節省成本是醫學中的一個重要考慮因素。辦公室的FNA費用從75美元到350美元不等，取決于研究來源以及病理費是否包括在內。相比之下，切除活組織檢查的費用從1200美元到2500美元不等。如果需要住院，費用甚至更高。